Во-первых 3 года срок исковой давности для всех сделок и подобного. Но течь он начинает с момента, возникновения обязательства или с момента, когда вы узнали или могли узнать о факте.
Ключевая ваша фраза: "там был другой двигатель, не тот что в ПТС. Тогда при регистрации это было не проблематично." — ЭТО КАК? Закон существовал один и тот же! Кто допустил такую регистрацию??? Почему еще в тот момент его зарегистрировали?
Соответственно, вам нужно обратиться в органы таможни (если вы ввозили авто) с запросом предоставления ВСЕХ документов таможенных. Запросить в ГИБДД (регистратора) документы по постановке на учет и основания для постановки. Фактически, вам нужно доказать отсутствие именно ВАШЕЙ, а не гос.органов вины — что необычайно сложно!
Если вы признаете свою вину (будучи невиновными) — бесполезно будет спорить, суд встанет на сторону вашего покупателя. Поэтому действуйте очень осторожно. Важно установить когда и кем был подменен двигатель. Но если вы купили авто таким — делайте выводы.
По суду, безусловно у ваших покупателей огромный шанс выигрыша, имейте это ввиду. Но после суда, вы сможете предъявить убытки только Вашему продавцу (которого не найти?) или к гос.органам (что вряд-ли получиться).
Успехов.
