Здравствуйте, Виктория.
Согласно закону:
8. Обучение по следующим образовательным программам высшего образования является получением второго или последующего высшего образования:
1) по программам бакалавриата или программам специалитета — лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра;
2) по программам магистратуры — лицами, имеющими диплом специалиста или диплом магистра;
3) по программам ординатуры или программам ассистентуры-стажировки — лицами, имеющими диплом об окончании ординатуры или диплом об окончании ассистентуры-стажировки;
4) по программам подготовки научно-педагогических кадров — лицами, имеющими диплом об окончании аспирантуры (адъюнктуры) или диплом кандидата наук.
ст. 69, Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.12.2017) «Об образовании в Российской Федерации»
То есть получение бакалавром образования по программе магистратуры не является вторым высшим образованием, при этом по той же специальности (направлению) обучается гражданин или по другой, не имеет значения.
Но для права на гарантии и компенсации имеет значение не факт получения второго высшего образования, а факт получения образования соответствующего уровня впервые.
Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с получением образования, предоставляютсяпри получении образования соответствующего уровня впервые.
ст. 177, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 31.12.2017)
А уровни образования сейчас такие:
4) уровень образования — завершенный цикл образования, характеризующийся определенной единой совокупностью требований;
ст. 2, Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.12.2017) «Об образовании в Российской Федерации»
5. В Российской Федерации устанавливаются следующие уровни профессионального образования:
1) среднее профессиональное образование;
2) высшее образование — бакалавриат;
3) высшее образование — специалитет, магистратура;
4) высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.
ст. 10, Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.12.2017) «Об образовании в Российской Федерации»
То есть бакалавриат и магистратура — это разные уровни образования, и при получении каждого уровня впервые работник имеет право на гарантии и компенсации.