Здравствуйте Ерлан.Вы первый раз регистрировались только на 90 дней.По истечении 90 дней Вам нужно было продлить миграционный учет на основании трудового договора, НА СРОК трудового договора.Вы если этого не сделали тогда Вы просрочили регистрацию.Но Ваш срок временного пребывания равно сроку трудового договора, как я понял Вы граждан ЕАЭС.Вам нужно обратиться с документами и с трудовым договором обратиться в УВМ МВД (УФМС бывш)для продления регистрации.Вам придется выплатить штраф согласно КоАП РФ Статья 18.8
1. Нарушение иностранным гражданином или лицом без гражданства правил въезда в Российскую Федерацию либо режима пребывания (проживания) в Российской Федерации, выразившееся в нарушении установленных правил въезда в Российскую Федерацию, в нарушении правил миграционного учета,.......-
влечет наложение административного штрафа в размере от двух тысяч до пяти тысяч рублей с административным выдворением за пределы Российской Федерации или без такового.
С Уважением