Какую формулу расчета неустойки использовать в данной ситуации?

а разве не 1% за каждый день невыплаченной разницы ущерба, расчитанного с помощью независимой экспертизы?

Да, это другое.

21. В течение 20 календарных дней, за исключением нерабочих праздничных дней, а в случае, предусмотренном пунктом 15.3 настоящей статьи, 30 календарных дней, за исключением нерабочих праздничных дней, со дня принятия к рассмотрению заявления потерпевшего о страховом возмещении или прямом возмещении убытков и приложенных к нему документов, предусмотренных правилами обязательного страхования, страховщик обязан произвести страховую выплату потерпевшему или после осмотра и (или) независимой технической экспертизы поврежденного транспортного средства выдать потерпевшему направление на ремонт транспортного средства с указанием станции технического обслуживания, на которой будет отремонтировано его транспортное средство и которой страховщик оплатит восстановительный ремонт поврежденного транспортного средства, и срока ремонта либо направить потерпевшему мотивированный отказ в страховом возмещении.
(в ред. Федерального закона от 28.03.2017 N 49-ФЗ)
При несоблюдении срока осуществления страховой выплаты или срока выдачи потерпевшему направления на ремонт транспортного средства страховщик за каждый день просрочки уплачивает потерпевшему неустойку (пеню) в размере одного процента от определенного в соответствии с настоящим Федеральным законом размера страхового возмещения по виду причиненного вреда каждому потерпевшему. При возмещении вреда на основании пунктов 15.1 — 15.3 настоящей статьи в случае нарушения установленного абзацем вторым пункта 15.2 настоящей статьи срока проведения восстановительного ремонта поврежденного транспортного средства или срока, согласованного страховщиком и потерпевшим и превышающего установленный абзацем вторым пункта 15.2 настоящей статьи срок проведения восстановительного ремонта поврежденного транспортного средства, страховщик за каждый день просрочки уплачивает потерпевшему неустойку (пеню) в размере 0,5 процента от определенной в соответствии с настоящим Федеральным законом суммы страхового возмещения, но не более суммы такого возмещения.
(в ред. Федерального закона от 28.03.2017 N 49-ФЗ)
При несоблюдении срока направления потерпевшему мотивированного отказа в страховом возмещении страховщик за каждый день просрочки уплачивает потерпевшему денежные средства в виде финансовой санкции в размере 0,05 процента от установленной настоящим Федеральным законом страховой суммы по виду причиненного вреда каждому потерпевшему.
(в ред. Федерального закона от 28.03.2017 N 49-ФЗ)
Предусмотренные настоящим пунктом неустойка (пеня) или сумма финансовой санкции при несоблюдении срока осуществления страхового возмещения или срока направления потерпевшему мотивированного отказа в страховом возмещении уплачиваются потерпевшему на основании поданного им заявления о выплате такой неустойки (пени) или суммы такой финансовой санкции, в котором указывается форма расчета (наличный или безналичный), а также банковские реквизиты, по которым такая неустойка (пеня) или сумма такой финансовой санкции должна быть уплачена в случае выбора потерпевшим безналичной формы расчета, при этом страховщик не вправе требовать дополнительные документы для их уплаты.