Как происходит начисление зарплаты без учёта аванса?

Добрый день. Если ошибка вскроется. то вас никто не может обязать возвращать излишне выплаченную сумму. Это ошибка бухгалтерии, и по общему правилу (ст. 137 ТК РФ), она не возвращается (как, например, излишне выплаченные алименты). Вернуть эти деньги можно либо по вашему заявлению, либо удерживать из заработной платы по вашему согласию. Однако вам дальше работать с этими людьми, и  стоит ли овчинка выделки? Решать только вам.  

Антон, вскроется, будьте уверены. Попросят Вас добровольно эти деньги вернуть, потому что списать с Вас деньги права не имеют. Согласно ст.1109 ГК РФ

«Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения:
3) заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки».

Антон, ошибка наверняка вскроется, так как бухучет довольно-таки точная наука. Когда это произойдет бухгалтерия будет вправе удержать излишне уплаченную сумму из Ваше заработной платы, так как в данном случае налицо счетная ошибка 

«Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 05.02.2018)Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы

 
Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

счетной ошибки;
если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.

Здравствуйте. Согласно ст.137 ТК РФ заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении трудового законодательства или иных нормативных правовых актов, содержащих нормы трудового права), не может быть с него взыскана, за исключением случаев:

счетной ошибки;

В вашем случае выдача аванса и начисление полной зарплаты без вычета аванса счётной ошибкой не является. Ошибка обязательно вскроется, но она не счётная, поэтому возвращать вы не обязаны. С Вас её не взыщут.