Вносились ли какие-либо значимые изменения по начислениям пени по старым договорам?

Здравствуйте Марк! Касательно вашего вопроса есть много особенностей, поэтому без изучения самого договора сложно дать исчерпывающий ответ. Гражданский кодекс РФ содержит следующие нормы касательно пени (она же именуется неустойкой, штрафом) 

Статья 330. Понятие неустойки

1. Неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения. По требованию об уплате неустойки кредитор не обязан доказывать причинение ему убытков.
2. Кредитор не вправе требовать уплаты неустойки, если должник не несет ответственности за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательства.

Статья 395. Ответственность за неисполнение денежного обязательства

1. В случаях неправомерного удержания денежных средств, уклонения от их возврата, иной просрочки в их уплате подлежат уплате проценты на сумму долга. Размер процентов определяется ключевой ставкой Банка России, действовавшей в соответствующие периоды. Эти правила применяются, если иной размер процентов не установлен законом или договором.
(п. 1 в ред. Федерального закона от 03.07.2016 N 315-ФЗ)

2. Если убытки, причиненные кредитору неправомерным пользованием его денежными средствами, превышают сумму процентов, причитающуюся ему на основании пункта 1 настоящей статьи, он вправе требовать от должника возмещения убытков в части, превышающей эту сумму.
3. Проценты за пользование чужими средствами взимаются по день уплаты суммы этих средств кредитору, если законом, иными правовыми актами или договором не установлен для начисления процентов более короткий срок.
КонсультантПлюс: примечание.
П. 4 ст. 395 ГК РФ не применяется к договорам, заключенным до 01.06.2015 (Обзор судебной практики Верховного Суда).

4. В случае, когда соглашением сторон предусмотрена неустойка за неисполнение или ненадлежащее исполнение денежного обязательства, предусмотренные настоящей статьей проценты не подлежат взысканию, если иное не предусмотрено законом или договором.
(п. 4 введен Федеральным законом от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

5. Начисление процентов на проценты (сложные проценты) не допускается, если иное не установлено законом. По обязательствам, исполняемым при осуществлении сторонами предпринимательской деятельности, применение сложных процентов не допускается, если иное не предусмотрено законом или договором.
(п. 5 введен Федеральным законом от 08.03.2015 N 42-ФЗ)

6. Если подлежащая уплате сумма процентов явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд по заявлению должника вправе уменьшить предусмотренные договором проценты, но не менее чем до суммы, определенной исходя из ставки, указанной в пункте 1настоящей статьи.