Добрый день!
Да, в случае, если организация заключает с физическим лицом, не являющимся индивидуальным предпринимателем, договор гражданско-правового характера, организация в силу ст. 226 Налогового кодекса РФ признается налоговым агентом этого физического лица и обязана удержать из суммы, причитающейся физическому лицу по договору, налог на доходы.
Выплаты по договору гражданско-правового характера считаются доходом физ. лица и облагаются НДФЛ на основании подпункта 6 пункта 1 ст. 208 налогового кодекса.
При этом, организация не вправе возлагать обязанность по уплате налогов на физ. лицо самостоятельно, организация также не вправе уплачивать НДФЛ из собственных средств.
Вопрос о применении ставки (13% или 30%) отдельный, вероятнее всего, это означает, что Вы являетесь нерезидентом. Так или иначе, если это не соответствует действительности, запросите у организации обоснование применения ставки НДФЛ 30%.
Благодарю за информацию!
Спасибо за отзыв, если что обращайтесь.