В какую инстанцию написать, если есть приговор, апелляция, кассация и надзор?

Президент не рассматривает дела, относится к исполнительной власти, в каждой области создана комиссия по помилованию, они если усмотрят направят Президенту РФ для помилования(крайне редкое явление).

Статья 401.3.УПК РФ Порядок подачи кассационных жалобы, представления

2) судебные решения, указанные в пункте 1 настоящей части, если они обжаловались в кассационном порядке в президиум верховного суда республики, краевого или областного суда, суда города федерального значения, суда автономной области, суда автономного округа; приговор или иное итоговое судебное решение верховного суда республики, краевого или областного суда, суда города федерального значения, суда автономной области, суда автономного округа, если указанные судебные решения не были предметом рассмотрения Верховного Суда Российской Федерации в апелляционном порядке; постановления президиума верховного суда республики, краевого или областного суда, суда города федерального значения, суда автономной области, суда автономного округа -в Судебную коллегию по уголовным делам Верховного Суда Российской Федерации;