Здравствуйте, Антон!
это вполне возможно, т.к. самостоятельного налогового имущественного вычета по расходам на погашение ипотеки в ст.220 НК до 2014 года не было.
ранее в соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 220 НК при определении размера налоговой базы налогоплательщик имел право на получение имущественного налогового вычета в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов, в частности: на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них; а также на погашение процентов по целевым займам (кредитам), полученным от российских организаций или индивидуальных предпринимателей и фактически израсходованным на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них.
т.е. эти расходы не были выделены в самостоятельное основание, а их можно было включить в расходы по приобретению, при чем размер вычета по ним не был ограничен как сейчас 3 млн. рублей.
скорее всего у Вас просто не правильно оформлена декларация. в целом же оснований для отказа не вижу.