Отказ компенсировать затраты на проезд в основной отпуск из районо крайнего севера авиатранспортом

Добрый день, возмещать проезд Вам должны по фактически произведенным расходам. 

В соответствии с п. 85 Приказа Министра обороны РФ от 06.06.2001 N 20  «Об утверждении Руководства по оформлению, использованию, хранению и обращению с воинскими перевозочными документами в Вооруженных Силах Российской Федерации» - 

Лицам, имеющим право на проезд или перевозку личного имущества за счет средств Министерства обороны Российской Федерации, не получившим или не использовавшим воинские перевозочные документы, расходы возмещаются по фактически произведенным затратам, но не выше норм, установленных для соответствующих категорий воинских пассажиров.

Основанием для возмещения расходов в указанных случаях являются рапорт (заявление), документы, подтверждающие право на проезд или перевозку личного имущества за счет средств Министерства обороны Российской Федерации (предписание, отпускной билет, командировочное удостоверение с соответствующими отметками о пребывании в пунктах проведения отпуска или служебной командировки, справка о пребывании в санатории, доме отдыха, госпитале и т.п.) и документы о произведенных расходах (проездные билеты, квитанции о доплатах, накладные, багажные и грузобагажные квитанции и др.), неиспользованные воинские перевозочные документы или справки, выданные на бланке требования формы 1, с указанием в нем, что льгота по проезду или перевозке личного имущества не была использована.

Здравствуйте, Андрей! Приказ № 200 (а не 20, как указал коллега) не действует. Вместо него действует приказ МО РФ № 815 -2017 года, которым предусмотрено использование ВПД.

Постановление № 354 — 2000 года:

6. Министерству обороны Российской Федерации и иному федеральному органу исполнительной власти (федеральному государственному органу), в котором предусмотрена военная служба, возмещать расходы военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей (близких родственников), имеющих право на проезд и перевоз личного имущества на безвозмездной основе, в случае приобретения ими проездных документов (билетов) и оплаты перевоза личного имущества за свой счет.
(в ред. Постановлений Правительства РФ от 14.12.2004 N 775, от 14.09.2016 N 922, от 29.12.2016 N 1540)
Порядок возмещения этих расходов определяется указанными федеральными органами исполнительной власти и федеральными государственными органами.

Т.е. опять отсылает к приказу МО РФ № 815, которым порядок оплаты не установлен.

Т.е. Вам надо затребовать у бухгалтера основания для оплаты только тарифа, без сборов и оплаты места багажа (возможно есть какая-то инструкция или указания, которые могут указывать на то, что оплачивать, а что нет).

В противном случае можно оспаривать действия бухгалтеров в суд.