Вернут ли мне стипендию за месяцы, в которые она не приходила?

Анастасия, добрый день. Согласно Приказа Минобрнауки России от 27.12.2016 N 1663

(ред. от 02.04.2018) «Об утверждении Порядка назначения государственной академической стипендии и (или) государственной социальной стипендии студентам, обучающимся по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, государственной стипендии аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам, обучающимся по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, выплаты стипендий слушателям подготовительных отделений федеральных государственных образовательных организаций высшего образования, обучающимся за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета»
(Зарегистрировано в Минюсте России 24.01.2017 N 45376)

Государственная академическая стипендия назначается студентам в зависимости от успехов в учебе на основании результатов промежуточной аттестации в соответствии с календарным учебным графиком с первого числа месяца, следующего за месяцем ее окончания, не реже двух раз в год.
Студент, которому назначается государственная академическая стипендия, должен соответствовать следующим требованиям:
отсутствие по итогам промежуточной аттестации оценки «удовлетворительно»;
отсутствие академической задолженности.

Таким образом,  стипендию вам не выплатят, так как экзамен не был сдан в срок.