Дмитрий, добрый день!
Описанная Вами ситуация не имеет прямого и однозначного решения. Поэтому я предлагаю Вам начать разрабатывать позицию на случай применения к Вам мер из ч. 1.3 ст. 7.30 КоАП РФ. Я исхожу из того, что во время Вашего отсутствия Ваши полномочия никому не были переданы.
В силу ч. 2 ст. 38 44-ФЗ обязанность иметь назначенного контрактного управляющего возложена непосредственно на Заказчика. Иными словами, на время Вашего отпуска вопросом назначения «запасного» контрактного управляющего должно было озаботиться руководство Вашего работодателя. (Если в Вашей должностной инструкции не сказано иного и вы не назначаете заместителя из числа подчиненных, например).
При этом, ведение реестра контрактов является прямым полномочием Контрактного управляющего (в силу п.7 ч. 4 ст. 38 44-ФЗ). То есть в силу Закона Ваш руководитель, например, не может нести ответственность за нарушение сроков 44-ФЗ, если не издан приказ, передающий Ваши полномочия ему.
На мой взгляд, в данной ситуации отсутствует лицо, которое было обязано совершить необходимые действия по публикации документов. Во время отпуска Вы не должны выполнять свои трудовые обязанности, а Заказчик не озаботился прямой своей обязанностью — передачей полномочий. Таким образом, состав административного правонарушения, ввиду отсутствия субъекта, отсутствует.
Но у контрольного органа может быть иное мнение на этот счет. В таком случае Вам ничего не останется, как ссылаться на малозначительность по ст. 2.9. КоАП РФ.