Исключили на два месяца позже, несмотря на приказ об увольнении

Добрый вечер, Андрей. 

Согласно Положению о порядке прохождения военной службы, утвержденного Указом Президента РФ № 1237 от 1999 г. (далее — Положение):

п. 3 ст. 3 Срок военной службы истекает:

…
б) для военнослужащих, проходящих военную службу по контракту, — в соответствующие месяц и число последнего года срока контракта либо в соответствующее число последнего месяца срока контракта, если контракт был заключен на срок до одного года.
В случаях, когда истечение срока военной службы приходится на месяц, в котором нет соответствующего числа, указанный срок истекает в последний день этого месяца.

Согласно п. 4 ст. 3 Положения:

Военнослужащий должен быть исключен из списков личного состава воинской части в день истечения срока его военной службы (уволенный досрочно — не позднее окончания срока военной службы), кроме случаев, установленных Федеральным законом и настоящим Положением.
День исключения из списков личного состава воинской части является для военнослужащего днем окончания (последним днем) военной службы.

Приказ о вашем увольнении стал основанием для проведения проведения мероприятий (предоставление отпуска, организация сдачи дел и должности и т. д.) и исключения вас из списков личного состава воинской части. 

При этом, согласно п.16 ст. 34 Положения:

Военнослужащий, уволенный с военной службы, на день исключения из списков личного состава воинской части должен быть полностью обеспечен установленным денежным довольствием, продовольственным и вещевым обеспечением. До проведения с военнослужащим всех необходимых расчетов он из списков личного состава воинской части без его согласия не исключается.

Таким образом, действия вашего командования законны и ваших прав не нарушили если вы были обеспечения всеми видами довольствия на день исключения из списков личного состава войсковой части.

Надеюсь, что моя консультация была вам понятна и полезна. Если возникнут вопросы — обращайтесь.