Здравствуйте!
Неустойка (пени) начисляется на существующую сумму задолженности. Важно установить, действительно ли УК начисляла пени на всю сумму даже после частичной оплаты. Для этого необходимо получить выписку из лицевого счета за соответствующий период, в которой как правило, указываются суммы оплаты и даты поступлений. И если Вы увидите, что за месяц, в котором поступила оплата долга, сумма задолженности не изменилась, то это конечно является нарушением.
В данном случае Вам необходимо обратиться в УК с заявлением о перерасчете. Если УК не удовлетворит Ваше требование или в случае если Вы не можете разобраться в расчетах (но полагаете, что нарушение имеет место быть), то Вы можете обратиться в государственную жилищную инспекцию своего субъекта РФ.