Наталья, добрый день!
Согласно ст. 209 НК РФ
Объектом налогообложения признается доход, полученный налогоплательщиками:
1) от источников в Российской Федерации и (или) от источников за пределами Российской Федерации — для физических лиц, являющихся налоговыми резидентами Российской Федерации;
2) от источников в Российской Федерации — для физических лиц, не являющихся налоговыми резидентами Российской Федерации.
К доходам от источников в Российской Федерации относится вознаграждение за выполнение трудовых или иных обязанностей, выполненную работу, оказанную услугу, совершение действия в Российской Федерации. При этом вознаграждение директоров и иные аналогичные выплаты, получаемые членами органа управления организации (совета директоров или иного подобного органа) — налогового резидента Российской Федерации, местом нахождения (управления) которой является Российская Федерация, рассматриваются как доходы, полученные от источников в Российской Федерации, независимо от места, где фактически исполнялись возложенные на этих лиц управленческие обязанности или откуда производились выплаты указанных вознаграждений (пп. 6. п.1 ст. 208 НК РФ).
Руководитель организации является не просто работником организации, с которым заключается трудовой договор, но и ответственным лицом. На него возлагаются исполнительские функции, он принимает решения от имени организации и отвечает за них, подписывает разного рода документы, отчитывается в государственных органах. Организация в свою очередь создается с целью получения прибыли и достижения иных целей. Поэтому директор в любом случае не может прибывать в неоплачиваемом отпуске долго, а тем более постоянно. Необходимость принять какое-либо решение, подписать документ, совершить другое действие в рамках устава и трудового договора повлечет за собой выход из отпуска, а следовательно начисление и уплату заработной платы и с полученного дохода нужно будет уплатить НДФЛ и обязательные страховые взносы.
Согласно подпункта 1 п. 1 ст. 420 НК РФ
Объектом обложения страховыми взносами для плательщиков, указанных в абзацах втором и третьем подпункта 1 пункта 1 статьи 419 настоящего Кодекса, если иное не предусмотрено настоящей статьей, признаются выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц, подлежащих обязательному социальному страхованию в соответствии с федеральными законами о конкретных видах обязательного социального страхования (за исключением вознаграждений, выплачиваемых лицам, указанным в подпункте 2 пункта 1 статьи 419 настоящего Кодекса):
в рамках трудовых отношений и по гражданско-правовым договорам, предметом которых являются выполнение работ, оказание услуг;
Кроме этого с любого дохода, за исключением некоторого, предусмотренного НК РФ, полученного организацией, также необходимо будет уплатить налог.
Если же с дохода налог не будет уплачен, организация понесет ответственность.
В соответствии со ст. 122 НК РФ
1. Неуплата или неполная уплата сумм налога (сбора, страховых взносов) в результате занижения налоговой базы (базы для исчисления страховых взносов), иного неправильного исчисления налога (сбора, страховых взносов) или других неправомерных действий (бездействия), если такое деяние не содержит признаков налоговых правонарушений, предусмотренных статьями 129.3 и 129.5 настоящего Кодекса,
влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от неуплаченной суммы налога (сбора, страховых взносов).
В Вашем случае, недостаток это отсутствие бухгалтера, И договор с Генеральным директором как раз и заключается вторым учредителем, от имени ООО.А Организация при отсутствиии бухгалтера, от имени Гендира(в лице и бухгалтер) должна начислять сотрудникам зарплату каждый месяц, в том числе и генеральному (сам себе)