Здравствуйте, Мария.
Начнем с того, что с гражданами, работающими по ГПД, не может быть заключен договор о полной материальной ответственности, он заключается только с работниками по трудовым договорам — ст. 244 ТК РФ (работодатель-заказчик сам себя обхитрил тут, пожалуй).
Такое имущество, если есть акты передачи, следует истребовать в судебном порядке, подав виндикационный иск — об истребовании из чужого незаконного владения (ст. 301 Гражданского кодекса РФ).
В ГПД на будущее можно внести условие о выплате неустойки исполнителем, если он своевременно не возвращает предоставленное заказчиком для выполнения работ (услуг) имущество.