Доброе время суток, Ирина!
В силу ст. 39.20 Земельного Кодекса РФ исключительное право на приобретение земельных участков в собственность или в аренду имеют граждане, юридические лица, являющиеся собственниками зданий, сооружений, расположенных на таких земельных участках. В данной ситуации у Вас есть два варианта развития событий: в административной порядке или через суд. Зарегистрировать право собственности на помещение магазина без права на земельный участок не получится.Нужно обратиться в местную Администрацию для заключения договора аренды вновь, если в заключении договора не откажут, то можете регистрировать в Государственном реестре право собственности на помещение. Зарегистрировав помещение и предоставив выписку из ЕГРП, можно обратиться в Администрацию с заявлением о предоставлении земельного участка в собственность для эксплуатации помещения магазина. Второй вариант, если Администрация откажет в аренде на земельный участок, то будет исковой порядок признания права собственности.