Здравствуйте,
Согласно пп. а п. 2 Постановления Правительства РФ от 4 июня 2012 г. N 546 «Об утверждении Положения о содержании пограничного контроля при пропуске лиц, транспортных средств, грузов, товаров и животных через государственную границу Российской Федерации»
2. Пограничный контроль включает:
а) контроль лиц для установления оснований на право выезда из Российской Федерации или въезда в Российскую Федерацию;
То есть, выяснение наличия оснований на право въезда в РФ является обязательным элементом пограничного контроля. К тому же, Ваш друг является гражданином недружественного по отношению к РФ государства в силу Распоряжение Правительства РФ от 05.03.2022 N 430-р, поэтому, не удивительно, что проверка в отношении него проходит более тщательно.
В силу пп. Р ст 12 ФЗ «О федеральной службе безопасности» от 03.04.1995 N 40-ФЗ органы федеральной службы безопасности обязаны участвовать в решении вопросов, касающихся въезда на территорию Российской Федерации и выезда за ее пределы граждан Российской Федерации, иностранных граждан и лиц без гражданства.
Не исключено, что даже при наличии у него визы в РФ, въезд в РФ после проведенных мероприятий в отношении него будет закрыт в силу ст 26, 27 ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» от 15.08.1996 N 114-ФЗ в силу нежелательности пребывания.
Вам что-либо пояснять обязанности у государственных органов не имеется.