Куда подавать заявление в суд о мошенничестве, если истец и ответчик проживают в разных городах?

Константин Сергеевич, заявление о факте мошеннических действий подается не в суд, а в полицию по месту совершения преступления.

В суд Вы будете подавать иск в рамках гражданского судопроизводства, чтобы вернуть похищенное путем мошенничества имущества. А в рамках уголовного судопроизводства по мошенничеству будет подавать материалы прокурор, но после того как уголовное дело возбудят, установят все факты и преступников, проведут другие необходимые действия и только потом направят в суд. 

Заявление в полицию Вы можете подать в любое отделение (его в обязательном порядке должны принять), потом полиция установит подследственность и направит дело в тот орган, к которому территориально относится место совершения преступления

Можно подать в любой отдел внутренних дел заявление, место совершения преступления и место проведения проверки и предварительного расследования должны определять сотрудники, а не Вы.