Можно ли голосовать против назначения ген директором владельца основной доли уставного капитала ООО?

Сделайте аудит или независимую оценку имущества у профессионального оценщика и при выходе из общества требуйте выплаты вашей доли в соответствии с её фактической стоимостью. При возникновении спора — обращайтесь в суд. Как участник общества Вы имеете права, предусмотренные Уставом, а также ФЗ «Об ООО»:

Статья 8. Права участников общества
 
1. Участники общества вправе:
участвовать в управлении делами общества в порядке, установленном настоящим Федеральным законом и уставом общества;
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

получать информацию о деятельности общества и знакомиться с его бухгалтерскими книгами и иной документацией в установленном его уставом порядке;
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

принимать участие в распределении прибыли;
продать или осуществить отчуждение иным образом своей доли или части доли в уставном капитале общества одному или нескольким участникам данного общества либо другому лицу в порядке, предусмотренном настоящим Федеральным законом и уставом общества;
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

выйти из общества путем отчуждения своей доли обществу, если такая возможность предусмотрена уставом общества, или потребовать приобретения обществом доли в случаях, предусмотренных настоящим Федеральным законом;
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

получить в случае ликвидации общества часть имущества, оставшегося после расчетов с кредиторами, или его стоимость.
Участники общества имеют также другие права, предусмотренные настоящим Федеральным законом.
2. Помимо прав, предусмотренных настоящим Федеральным законом, устав общества может предусматривать иные права (дополнительные права) участника (участников) общества. Указанные права могут быть предусмотрены уставом общества при его учреждении или предоставлены участнику (участникам) общества по решению общего собрания участников общества, принятому всеми участниками общества единогласно.
Дополнительные права, предоставленные определенному участнику общества, в случае отчуждения его доли или части доли к приобретателю доли или части доли не переходят.
(в ред. Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

Прекращение или ограничение дополнительных прав, предоставленных всем участникам общества, осуществляется по решению общего собрания участников общества, принятому всеми участниками общества единогласно. Прекращение или ограничение дополнительных прав, предоставленных определенному участнику общества, осуществляется по решению общего собрания участников общества, принятому большинством не менее двух третей голосов от общего числа голосов участников общества, при условии, если участник общества, которому принадлежат такие дополнительные права, голосовал за принятие такого решения или дал письменное согласие.
Участник общества, которому предоставлены дополнительные права, может отказаться от осуществления принадлежащих ему дополнительных прав, направив письменное уведомление об этом обществу. С момента получения обществом указанного уведомления дополнительные права участника общества прекращаются.
3. Учредители (участники) общества вправе заключить договор об осуществлении прав участников общества, по которому они обязуются осуществлять определенным образом свои права и (или) воздерживаться (отказываться) от осуществления указанных прав, в том числе голосовать определенным образом на общем собрании участников общества, согласовывать вариант голосования с другими участниками, продавать долю или часть доли по определенной данным договором цене и (или) при наступлении определенных обстоятельств либо воздерживаться (отказываться) от отчуждения доли или части доли до наступления определенных обстоятельств, а также осуществлять согласованно иные действия, связанные с управлением обществом, с созданием, деятельностью, реорганизацией и ликвидацией общества. Такой договор заключается в письменной форме путем составления одного документа, подписанного сторонами.
(в ред. Федеральных законов от 19.07.2009 N 205-ФЗ, от 29.06.2015 N 210-ФЗ)

Участники общества, заключившие договор, указанный в абзаце первом настоящего пункта, обязаны уведомить общество о факте его заключения не позднее 15 дней со дня его заключения. По соглашению сторон такого договора уведомление обществу может быть направлено одной из его сторон. В случае неисполнения данной обязанности участники общества, не являющиеся сторонами указанного договора, вправе требовать возмещения причиненных им убытков.
(абзац введен Федеральным законом от 29.06.2015 N 210-ФЗ)
(п. 3 введен Федеральным законом от 30.12.2008 N 312-ФЗ)

4. Если настоящим Федеральным законом предусмотрена судебная защита прав участников общества, такая защита может осуществляться третейским судом в случаях и в порядке, которые установлены федеральным законом.