В вашем вопросе вы путаете понятие "часть жилого дома" и доля в праве собственности на него. В первом случае речь идет о реальных долях, во втором - о идеальных долях (при которых невозможно определить конкретные изолированные помещения в жилом доме).
Материнский капитал может быть потрачен на строго регламентированные цели:
образование детей;
улучшение жилищных условий семьи (приобретение, строительство и реконструкция). Причем объект недвижимости должен находится на территории РФ;
формирование накопительной части трудовой пенсии матери.
В данном случае не будет улучшения жилищных условий семьи,а произойдет увеличение доли права собственности,поэтому отказ пенсионного фонда правомерен.