Как быть, если Водоканал утверждает, что граница проходит по колодцу центральных сетей?

Уважаемый Олег, в данном случае «Водоканал» абсолютно прав, исходя из требований законодательства границей балансовой и эксплуатационной ответственности является место соединения выпуска канализационной системы потребителя и колодец ресурсоснабжающей организации.

ФЗ «О водоснабжении и водоотведении» 

11) границы эксплуатационной ответственности по сетям водоотведения абонента и организации, осуществляющей водоотведение, определенные по признаку обязанностей (ответственности) за эксплуатацию этих сетей;

491 Постановлением Правительства РФ границей является место соединения внешней инженерной сети и внутренней (впуск в колодец)