Что делать, если аптека отказывает в замене неработающего электронного термометра?

Вас вводят в заблуждение.

Обмену на аналогичный товар  не подлежат медицинские приборынадлежащего качеств       ( ст.25 Закона РФ «О защите прав потребителя».

У вас же- бракованный товар, то есть товар ненадлежащего качества, здесь следует руководствоваться ст.18 Указанного Закона. Обменять термометр на другой, или же расторгнуть договор купли-продажи вы можете в течение всего гарантийного срока (смотрите в паспорте), а если такой срок не установлен, то в течение разумного срока, который составляет до 2 лет ( ст.19 Закона).

Вам следует обратиться с письменной претензией в аптеку, в которой и укажите ваши требования (обмен или возврат денег), пишите в 2 экз. и сдавате под роспись на втором экземпляре