Можно ли пополнять баланс QIWI с корп.карты банка?

Добрый день. Со стороны налоговой вопросов здесь к Вам не будет, если указанные суммы не идут у Вас в расходы. Банк иное дело. Просто это тренд последнего времени  — вопросы со стороны банка по перечислениям денег со счета.  Дело в том, что вопросы со стороны банка  в данном случае могут быть в силу ФЗ «О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма» от 07.08.2001 N 115-ФЗ 

Статья 6. Операции с денежными средствами или иным имуществом, подлежащие обязательному контролю

1. Операция с денежными средствами или иным имуществом подлежит обязательному контролю, если сумма, на которую она совершается, равна или превышает 600000 рублей либо равна сумме в иностранной валюте, эквивалентной 600000 рублей, или превышает ее, а по своему характеру данная операция относится к одному из следующих видов операций:

В Методических рекомендациях Банка России от 21 июля 2017 г. № 18-МР “О подходах к управлению кредитными организациями риском легализации (отмывания) доходов, полученных преступным путем, и финансирования терроризма”, http://www.garant.ru/products/... Вы можете увидеть по каким операциям, по   суммам перечисляемым с расчетного счета и оставляемым на нем, а  также по иным признакам ЦБ рекомендует относить движения по счету к транзитным операциям.

При этом в Вашу пользу играет следующее:

В силу ст.209 ГК РФ

1. Собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.
2. Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону…

Поэтому при перечислении денег  на свой электронный кошелек, либо при снятии наличности Вы осуществляете  операции  по распоряжению своими личными средствами. Именно это и стоит пояснять в банке при возникновении вопросов. 

Кроме того существует Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России от 11 августа 2014 г. N 03-04-05/39905 

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел письмо по вопросу порядка учета расходов индивидуальными предпринимателями по налогу на доходы физических лиц и в соответствии со статьей 34.2 Налогового кодекса РФ (далее — Кодекс) разъясняет следующее.

…
Согласно пункту 2 статьи 209 Гражданского кодекса собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц.
…
Следовательно, денежные средства, которые остались на расчетном счете индивидуального предпринимателя после уплаты налога на доходы физических лиц, других налогов, сборов и обязательных платежей, предусмотренных законодательством Российской Федерации о налогах и сборах, могут быть использованы им на личные цели. .…

Заместитель директора
департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
Министерства финансов РФ                                     Р.А. Саакян

…
3. Банк не вправе определять и контролировать направления использования денежных средств клиента и устанавливать другие не предусмотренные законом или договором банковского счета ограничения его права распоряжаться денежными средствами по своему усмотрению

т.е., отвечая на 

Интересует вопрос легитимности этих действий, не хочется лишних вопросов со стороны банка или налоговой. 

перечисление денег на Ваш электронный кошелек это законная операция. Она не вызовет вопросов у налоговой, если данные суммы Вы не будете учитывать в качестве расходов уменьшающих доход.( просто Вы не указали свою систему налогообложения)

Со стороны банка вопросы скорее всего будут, но это просто ситуация нашего времени и нашего государства. 

С Уважением Евгений Беляев