Как выставить счет на оплату по 44 ФЗ, чтобы избежать штрафных санкций?

Добрый день! Можете проконсультировать? Наша компания выиграла аукцион по 44ФЗ, заключили контракт и выполнила работы в срок. В ходе выполнения работ по просьбе заказчика было увеличено кол-во оказываемых услуг с договоренностью о повышении стоимости контракта на 10%. То есть полностью весь объем был закончен в августе 2018, доп.соглашение о повышении стоимости контракта заключено 7.12.2018 и здесь начинается проблема. Конец года, завертелись и забыли выставить документы на оплату. Как нам сейчас поступить? Заказчик согласен оплатить, бухгалтерии все равно как мы выставим документы, а юр.отдел никак не найдет решения, чтобы избежать штрафных санкций.