Здравствуйте!
К сожалению, Вы не указали, каким способом реализовано право на жилище: формирование накоплений или предоставление целевого жилищного займа, поэтому буду исходить из того, что под «военной ипотекой» вы имели ввиду второе.
По смыслу ч. 2 ст. 15 Федерального закона «О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих» увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет 20 лет и более, освобождает его от возврата выплаченных сумм по договору целевого жилищного займа. Следовательно, никакие долги он выплачивать не обязан.