Входит ли больничный лист в две недели отработки после подачи заявления об увольнении?

Алена, добрый вечер!

В соответствии со ст. 80 ТК РФ

Работник имеет право расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя в письменной форме не позднее чем за две недели, если иной срок не установлен настоящим Кодексом или иным федеральным законом. Течение указанного срока начинается на следующий день после получения работодателем заявления работника об увольнении.

Вы предупреждаете работодателя об увольнении за две недели, а не отрабатываете данный срок. Заболевание, подтвержденное листком нетрудоспособности, может входить в срок предупреждения, этот срок не приостанавливается в связи с больничным и по истечению двух недель Вы увольняетесь.