Есть ли шанс на возврат данной суммы и каковы последствия?

Константин!

Полагаю, что в данной ситуации можно воспользоваться положениями ст. 1102 Гражданского Кодекса РФ относительно возврата неосновательного обогащения, в которой сказано:

Статья 1102. Обязанность возвратить неосновательное обогащение

1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.
2. Правила, предусмотренные настоящей главой, применяются независимо от того, явилось ли неосновательное обогащение результатом поведения приобретателя имущества, самого потерпевшего, третьих лиц или произошло помимо их воли.

В статье 1103 ГК РФ сказано, что указанные выше правила применяются, в том числе и в случае предъявления требований:

3) одной стороны в обязательстве к другой о возврате исполненного в связи с этим обязательством

Поэтому, получив в результате исполнения обязательств со стороны партнёра большую сумму (чем положено по договору), вторая сторона неосновательно обогатилась. Естественно, все эти обстоятельства должны быть установлены и подтверждены документально, при этом выясняется- по какой причине ежемесячно подтверждалось отсутствие задолженности. Если в результате будет выяснено, что по условиям договора должна была быть перечислена меньшая сумма, неосновательно полученное надо будет вернуть. А в зависимости от причин образования переплаты можно будет решить вопрос — можно ли будет требовать компенсации понесённых сопутствующих расходов — комиссии банка и обязательных платежей и с кого именно. 

Так что шансы вернуть средства есть, но, возможно, без судебных разбирательств не обойтись.

Здравствуйте, 

ведь у нас есть ежемесячные документы от обсутствии долга с нашей стороны.

Универсальный передаточный документ подтверждает стоимость оказанных услуг. Для корректного ответа на вопрос  нужно определиться  на какую сумму соответственно были оказаны услуги(для этого нужно сложить все суммы которые прошли по УПД)  и какие суммы были оплачены (сложить суммы оплаты по  выписке из банка).   

Таким образом, начиная с 2013 года любой хозяйствующий субъект, не нарушая законодательство, может объединить информацию ранее обязательных для применения форм по передаче материальных ценностей (ТОРГ-12, М-15, ОС-1, товарный раздел ТТН) с дублирующими по большинству позиций реквизитами с информацией счетов-фактур, выписываемых в целях исполнения законодательства по налогам и сборам. 

ФНС России от 21.10.2013 N ММВ-20-3/96@ «Об отсутствии налоговых рисков при применении налогоплательщиками первичного документа, составленного на основе формы счета-фактуры»

Если сумма по выпискам из банка будет больше чем,  стоимость оказанных услуг  то соответственно  у вас возникнет неосновательное обогащение.

Статья 1102. Обязанность возвратить неосновательное обогащение

1. Лицо, которое без установленных законом, иными правовыми актами или сделкой оснований приобрело или сберегло имущество (приобретатель) за счет другого лица (потерпевшего), обязано возвратить последнему неосновательно приобретенное или сбереженное имущество (неосновательное обогащение), за исключением случаев, предусмотренных статьей 1109 настоящего Кодекса.

Если действительно выяснится что контрагент заплатил вам излишнюю сумму то:

Спустя полгода

 для неосновательного обогащения будет действовать общий срок исковой давности  3 года с момента когда лицо узнало о том что его права нарушены,  соответственно в течение 3 лет после  излишнего платежа  эти деньги могут быть взысканы.

ип уже закрыто,

После прекращения предпринимательской деятельности,  физическое лицо несет ответственность по обязательствам  индивидуального предпринимателя.

мы уже заплатили налоги с этой суммы

Вы сможете   вернуть переплату произведя сверку  расчётов по налогам,  поскольку ип закрыто скорее всего придётся лично ехать в налоговую  и подавать заявление на сверку.  приложив документы подтверждающие исключение из доходов этой суммы.

НК РФ Статья 78. Зачет или возврат сумм излишне уплаченных налога, сбора, пеней, штрафа

6. Сумма излишне уплаченного налога подлежит возврату по письменному заявлению налогоплательщика в течение одного месяца со дня получения налоговым органом такого заявления. Заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы, если иное не предусмотрено законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.

процент банку за этот платёж

процент банку можно рассматривать как убытки причиненные вам по вине  вашего контрагента, поскольку он необоснованно перечислил вам денежные средства, с которых вы заплатили %  банку.  Соответственно вы можете написать контрагенту претензию о  возмещение убытков,  если в добровольном порядке они убытки вам не возместят, можете обратиться в суд  за взысканием убытков,  однако учитывая сумму целесообразность этого сомнительна.