Здравствуйте!
Статьей 73 Договора о Евразийском экономическом союзе от 29 мая 2014 года предусмотрено, что, в случае если одно государство-член, в соответствии с его законодательством и положениями международных договоров, вправе облагать налогом доход налогового резидента (лица с постоянным местопребыванием) другого государства-члена в связи с работой по найму, осуществляемой в первом упомянутом государстве-члене, такой доход облагается в первом государстве-члене с первого дня работы по найму по налоговым ставкам, предусмотренным для таких доходов физических лиц — налоговых резидентов (лиц с постоянным местопребыванием) этого первого государства-члена.
Таким образом, если сотрудник является налоговым резидентом Казахстана, то ставка НДФЛ в размере 13% применяется с первого дня работы.