Как продать квартиру, купленную за материнский капитал

Рафаиль, здравствуйте!
На самом деле я считаю что здесь есть лазейка -ч.2 ст.66 СК РФ

Если родители не могут прийти к соглашению, спор
разрешается судом с участием органа опеки и попечительства по
требованию родителей (одного из них). По требованию родителей (одного из
них) в порядке, установленном гражданским процессуальным законодательством,
суд с обязательным участием органа опеки и попечительства вправе
определить порядок осуществления родительских прав на период до
вступления в законную силу судебного решения.

На основании этого положения подавайте в суд на отца и требуйте выдачи согласия на продажу доли. Обязательно привлечь органы опеки и доказать что условия жизни детей улучшаются надо будет в суде и все.

Полностью согласен с коллегой, единственное что добавлю исходя из вашей реплики

Папа уклоняется от выдачи согласия (он вообще от всего уклоняется) и недоступен.

А если квартира куплена после расторжения брака, зачем вообще нужно согласие бывшего супруга. 

Сделка, совершенная одним из супругов по распоряжению общим имуществом супругов, может быть признана судом недействительной по мотивам отсутствия согласия другого супруга только по его требованию и только в случаях, если доказано, что другая сторона в сделке знала или заведомо должна была знать о несогласии другого супруга на совершение данной сделки. Для совершения одним из супругов сделки по распоряжению недвижимостью и сделки, требующей нотариального удостоверения и (или) регистрации в установленном законом порядке, необходимо получить нотариально удостоверенное согласие другого супруга. Супруг, чье нотариально удостоверенное согласие на совершение указанной сделки не было получено, вправе требовать признания сделки недействительной в судебном порядке в течение года со дня, когда он узнал или должен был узнать о совершении данной сделки.

В соответствии с ч. 1 ст. 28 Гражданского процессуального кодекса, иск к ответчику, место жительства которого неизвестно или который не имеет места жительства в Российской Федерации, может быть предъявлен в суд по месту нахождения его имущества или по его последнему известному месту жительства в Российской Федерации.
То есть в исковом заявлении нужно указать последний известный Вам адрес места жительства ответчика. Приуведомлении ответчика можно попросить суд направить судебную телеграмму (предложите ее оплатить за свой счет), почтальон в уведомлении напишет что ответчик там не проживает, суд сможет рассмотреть дело в порядке ст. 119 ГПК РФ.