Согласно ст. 293 Бюджетным Кодексом РФ несвоевременное перечисление бюджетных средств получателям бюджетных средств влечет наложение штрафов на руководителей государственных органов, органов местного самоуправления в соответствии с Кодексом об административных правонарушениях, выплату компенсации получателям бюджетных средств в размере недофинансирования, а также при наличии состава преступления уголовные наказания, предусмотренные Уголовным кодексом Российской Федерации.
Посмотрите всё ли в порядке с лицензией.
Многое будет прописано в уставе образовательного учреждения, такое, как финансирование, сроки и т.д. Вполне возможно вообще отсутствие бюджетных средств на счету учреждения.
Но если же причина кроется в нарушении процедуры выплаты стипендии ВУЗом, то органов местного самоуправления в соответствии с Кодексом об административных правонарушениях будет наложен штраф, если же выступить с заявлением в Арбитражный суд.