На мой взгляд нет связи между ограничением использования расчетного счета и наличием или отсутствием договора займа.
Ограничения использования расчетного счета могут быть наложены различными органами и ведомствами от судебных приставов до налоговой службы. Ограничения могут быть наложены и самим банком в связи с неисполнением договора банковского счета, например.
Возврат займа может быть произведен из кассы юридического лица. При этом факт заключения договора займа, по которому компания получила деньги может быть подтвержден приходным кассовым ордером, а возврат — расходным кассовым ордером (ч. 2 ст. 808 ГК РФ).
Попробуйте обойтись этими документами. Но это может получиться, если в кассе есть деньги.