Добрый день. По данной ситуации давал разъяснения сам МИнфин:
МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ПИСЬМО
от 13 июля 2018 г. N 03-04-05/48855
Департамент налоговой и таможенной политики рассмотрел обращение и в соответствии со статьей 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) разъясняет следующее.
В соответствии со статьей 57 Конституции Российской Федерации каждый обязан платить законно установленные налоги и сборы. Данная конституционная обязанность имеет особый, а именно публично-правовой характер, что обусловлено самой природой государства и государственной власти.
1. По вопросу уплаты налога на доходы физических лиц с доходов, полученных при продаже недвижимого имущества
Согласно статье 218 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — Гражданский кодекс) в случае смерти гражданина право собственности на принадлежавшее ему ранее имущество переходит по наследству к другим лицам в соответствии с завещанием или законом.
Статьями 1114 и 1152 Гражданского кодекса установлено, что принятое наследство признается принадлежащим наследнику со дня открытия наследства, которым является день смерти гражданина, независимо от времени его фактического принятия, а также момента государственной регистрации права наследника на наследованное имущество, когда такое право подлежит государственной регистрации.
Таким образом, у наследника, вступившего в права наследства, право собственности на наследованное имущество возникает со дня смерти наследодателя независимо от даты государственной регистрации этих прав.
Подпунктом 2 пункта 1 статьи 228 Кодекса предусмотрено, что физические лица производят исчисление и уплату налога на доходы физических лиц исходя из сумм, полученных от продажи имущества, принадлежащего этим лицам на праве собственности, и имущественных прав, за исключением случаев, предусмотренных пунктом 17.1 статьи 217 Кодекса, когда такие доходы не подлежат налогообложению.
На основании пункта 17.1 статьи 217 и пункта 2 статьи 217.1 Кодекса освобождаются от налогообложения доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе, при условии, что такой объект находился в собственности налогоплательщика в течение минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества и более.
В соответствии с пунктом 3 статьи 217.1 Кодекса минимальный предельный срок владения объектом недвижимого имущества, полученным в наследство, составляет три года.
В случае владения налогоплательщиком наследованным объектом недвижимого имущества менее трех лет доход от его продажи подлежит обложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке.
Согласно пункту 1 статьи 210 Кодекса при определении налоговой базы по налогу на доходы физических лиц учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной форме, или право на распоряжение которыми у него возникло, а также доходы в виде материальной выгоды, определяемой в соответствии со статьей 212 Кодекса.
Вместе с тем в соответствии с подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета при продаже недвижимого имущества.
На основании подпункта 1 пункта 2 статьи 220 Кодекса имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса, предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей.
Таким образом, при продаже жилого дома, находившегося в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения, налогообложению подлежит не полная сумма полученного дохода, а сумма дохода, уменьшенная на размер имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 пункта 2 статьи 220 Кодекса.
Вам будет полезен последний абзац этого письма.