Как можно ребенка прописать в данном случае?

Доброго времени суток, в соответствии с п. 2 ст. 20 ГК РФ местом жительства несовершеннолетних, не достигших четырнадцати лет, или граждан, находящихся под опекой, признается место жительства их законных представителей — родителей, усыновителей или опекунов.

По общему правилу ребенок прописывается с тем родителем, с которым проживает. Оснований, по которым отец может запретить регистрацию ребенка по вашему месту жительства законом не предусмотрены.