Как быть, если на магазин подали жалобы в отношении кражи товара?

Здравствуйте. Заявление о чём, за ложный донос? Но Вы же только предположили, что это могла быть она, но однозначно не утверждали я полагаю. Так что я советую Вам в объяснений указать, что Вы просто предположили, что это могла быть она. Добросовестно заблуждались да, но не более. При это конечно отдаете отчет,  что органы разберутся. Ст. 306 УК РФ предполагает заведомость

1. Заведомо ложный донос о совершении преступления — наказывается штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.