Как подрядчику избежать штрафа, если у заказчика отсутствует разрешение на строительство?

СРО есть и у нас и у Заказчика. Насчет проверки не знаю пришло уведомление, что возбудили дело об админ. правонарушении. А уведомление СРО это здесь причем? Просто не думал об этом. Кстати СРО у нас с Заказчиком разные. Топорно, знаю, а если штраф заказчику предъявить. По договору он обязан был представить разрешение на строительство. Ждать не могли штрафы санкции, Заказчик входит в 10 крупнейших нефтедобывающих в РФ

Вы просто не поняли ход моей мысли. Любое решение (постановление) можно обжаловать.

Любой надзор за чьей либо деятельностью осуществляется на основании проверок (плановых, внеплановых, документарных, выездных). Как это все работает обывательским языком. Решение (приказ) руководителя ростеха о проведении проверки в отношении вашего строительного объекта, далее уведомляются лица о проверке (СРО, заказчик (чтобы был представитель при проверке), далее проводится проверка от 1 до 7 дней, после выписывается акт, протокол, и предписание об устранении (дается срок на устранение) по окончанию этого срока выдается постановление (заключение) и потом ростех отправляет все в мировой/районный суд для привлечения к административной ответственности.

Руководствуясь п. 9 Положения об осуществлении государственного строительного надзора в Российской Федерации, Утверждено Постановлением Правительства Российской Федерации от 1 февраля 2006 г. N 54 

п. 9. Государственный строительный надзор осуществляется в форме проверок. Формы документов, необходимых для осуществления государственного строительного надзора, устанавливаются Федеральной службой по экологическому, технологическому и атомному надзору по согласованию с Министерством строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации.

п. 4. Предметом государственного строительного надзора является проверка:
а) соответствия выполнения работ и применяемых строительных материалов в процессе строительства, реконструкции объекта капитального строительства, а также результатов таких работ требованиям технических регламентов, иных нормативных актов и проектной документации, в том числе требованиям в отношении энергетической эффективности и требованиям в отношении оснащенности объекта капитального строительства приборами учета используемых энергетических ресурсов;
б) наличия разрешения на строительство;
в) выполнения требований частей 2, 3 и 3.1 статьи 52 Градостроительного кодекса Российской Федерации.

п.11. Проверки проводятся должностным лицом (должностными лицами) органа государственного строительного надзора, уполномоченным на основании соответствующего распоряжения (приказа) органа государственного строительного надзора и от его имени осуществлять такой надзор (далее — должностное лицо органа государственного строительного надзора) в соответствии с программой проверок, а также в случае получения извещений, указанных в части 6 статьи 52 и части 3 статьи 53 Градостроительного кодекса Российской Федерации, обращений физических и юридических лиц, органов государственной власти и органов местного самоуправления.

п. 14 При выявлении в результате проведенной проверки нарушений должностным лицом органа государственного строительного надзора составляется акт, являющийся основанием для выдачи заказчику, застройщику или подрядчику (в зависимости от того, кто в соответствии с законодательством Российской Федерации несет ответственность за допущенные нарушения) предписания об устранении таких нарушений. В предписании указываются вид нарушения, ссылка на технический регламент (нормы и правила), иной нормативный правовой акт, проектную документацию, требования которых нарушены, а также устанавливается срок устранения нарушений с учетом конструктивных и других особенностей объекта капитального строительства.
Иные результаты проверки заносятся должностным лицом органа государственного строительного надзора в общий и (или) специальный журналы.

Далее, чтобы уж моя консультация не превращалась в статью. Вы, либо ваш юрист, обращаетесь к второй главе Федерального закона от 26.12.2008 N 294-ФЗ «О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля» и проверяете на соответствие. 

Обжаловать можете как действие (бездействие) органов надзора, так и непосредственно ненормативный правовой акт в порядке 24 главы АПК РФ.

В любом случае действий, направленных на то, чтобы защитить вас — много, нужно просто детальный разбор ситуации. А лучше напрямую с каким нибудь инхаус юристом пообщаться.

p.s. Что касается СРО, он тоже в неком роде играет роль надзорного органа в отношении членов СРО, и при проверках Ростеха, последний уведомляет об этом и само СРО...