В 2017 году мы купили квартиру с использованием средств банка (иппотечное кредитование), кредитный договор был составлен на основании ПДКП

Здравствуйте, Александр.

 Но банки отказывают в рефенансировании, ссылаясь на то, что квартира была куплена по ПДКП, хотя позже был оформлен полноценный договор купли продажи.

вы получили письменный отказ об этом?

Что делать, может как то можно переписать кредитный договор, сделать на основании имеющегося договора купли продажи?

переписать договор нельзя. Предварительный договор не удостоверяет сделку, а лишь указывает намерения сторон. Предварительный ДКП фактически нужен для обеспечения максимальной безопасности всех сторон сделки, но не для реального фиксирования передачи прав на собственность. Поскольку в последствии вами был заключен полноценный ДКП, полагаю, что вам нужно проинформировать банк об этом письменно (оставив у себя второй экземпляр об этом с отметкой о принятии ) и просить предоставить вам право на госпрограмму под 6%.

«Гражданский кодекс Российской Федерации (часть первая)» Статья 429. Предварительный договор

1. По предварительному договору стороны обязуются заключить в будущем договор о передаче имущества, выполнении работ или оказании услуг (основной договор) на условиях, предусмотренных предварительным договором.

.