В деревне с перебоями воды был установлен счетчик в доме но во дворе есть еще кран счетчика на нем нет

Добрый вечер!

Пломбировать счетчик пришли через 3 года и обнаружили кран. 

Счетчик не был опломбирован после установки? Показания принимали по нему?

Через 2 недели пришло письмо с штрпфом по всем правилам насчитали за 3 года

Даже если считать данное подключение несанкционированным, то в любом случае доначисление проводится максимум за 3 месяца.

Постановление Правительства РФ от 06.05.2011 N 354 

62. При обнаружении осуществленного с нарушением установленного порядка подключения (далее — несанкционированное подключение) внутриквартирного оборудования потребителя к внутридомовым инженерным системам исполнитель обязан составить акт о выявлении несанкционированного подключения в порядке, установленном настоящими Правилами.
На основании акта о выявлении несанкционированного подключения исполнитель направляет потребителю уведомление о необходимости устранить несанкционированное подключение и производит доначисление платы за коммунальную услугу для потребителя, в интересах которого совершено такое подключение, за потребленные без надлежащего учета коммунальные услуги.
Доначисление размера платы в этом случае должно быть произведено исходя из объемов коммунального ресурса, рассчитанных как произведение мощности несанкционированно подключенного оборудования (для водоснабжения и водоотведения — по пропускной способности трубы) и его круглосуточной работы за период начиная с даты осуществления несанкционированного подключения, указанной в акте о выявлении несанкционированного подключения, составленном исполнителем с привлечением соответствующей ресурсоснабжающей организации, а в случае невозможности установления даты осуществления несанкционированного подключения — с даты проведения исполнителем предыдущей проверки, но не более чем за 3 месяца, предшествующие месяцу, в котором выявлено такое подключение, до даты устранения исполнителем такого несанкционированного подключения. В случае невозможности определить мощность несанкционированно подключенного оборудования доначисление размера платы осуществляется исходя из объема, определенного на основании норматива потребления соответствующих коммунальных услуг с применением к такому объему повышающего коэффициента 10. При этом в случае отсутствия постоянно и временно проживающих в жилом помещении граждан объем коммунальных услуг в указанных случаях рассчитывается с учетом количества собственников такого помещения.

Копия акта есть у Вас? Возможно были нарушения при его составлении.