Может ли мой ребенок быть у меня в составе семьи и у другого военнослужащего членом семьи?

Добрый день, Азамат.

Жена без моего согласия ( от ребенка я не отказывался, связь поддерживаю) прописала себя и дочку у своего отца ВОЕННОСЛУЖАЩЕГО 

Такое возможно, законами РФ это не запрещено. Так как мать является законным представителем ребенка. 

Согласно АДМИНИСТРАТИВНОГО РЕГЛАМЕНТА ПРЕДОСТАВЛЕНИЯ ФЕДЕРАЛЬНОЙ МИГРАЦИОННОЙ СЛУЖБОЙ ГОСУДАРСТВЕННОЙ УСЛУГИ ПО РЕГИСТРАЦИОННОМУ УЧЕТУ ГРАЖДАН РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ПО МЕСТУ ПРЕБЫВАНИЯ И ПО МЕСТУ ЖИТЕЛЬСТВА В ПРЕДЕЛАХ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

…

114. Регистрация по месту жительства несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста и проживающих вместе с родителями (усыновителями, опекунами), осуществляется на основании документов, удостоверяющих личность родителей (усыновителей), или документов, подтверждающих установление опеки, и свидетельства о рождении этих несовершеннолетних с письменного согласия их законных представителей. Указанная регистрация осуществляется с выдачей свидетельства о регистрации по месту жительства формы N 8 (приложение N 15 к Регламенту).

ПОЧЕМУ ЧЕРЕЗ СУД ПРИЗНАЛИ ЕГО ЧЛЕНОМ СЕМЬИ, БЕЗ МОЕГО УВЕДОМЛЕНИЯ(РАЗРЕШЕНИЯ)?

Скорее всего Вы имеете ввиду решение об установлении факта нахождения на иждивении?. Да, такое тоже возможно, при наличии необходимых доказательств, подтверждения иждивения. Все законно. 

НА КАКИЕ НОРМЫ И ПРИКАЗЫ МОЖНО СОСЛАТЬСЯ ЧТО БЫ ОТМЕНИЛИ ВЫПЛАТЫ НА МОЮ ДОЧЬ?

Не вижу оснований.