Здравствуйте!
Для финансового органа для осуществления соответствующей выплаты, помимо подтверждающих документов, имеет значение то место, которое указано в приказе (приказах) о предоставлении Вам отпуска и компенсации расходов, понесенных на дорогу к месту проведения отпуска и обратно, а также в отпускном удостоверении. В описанном Вами случае необходимо обратиться к командованию с письменным рапортом с просьбой изменения места проведения отпуска и внесения соответствующих изменений в приказ (приказы), если к настоящему времени они уже установленным порядком отданы.
В случае нарушения права на компенсацию расходов в указанной части Вы имеете право обратиться к вышестоящему командованию, органы военной прокуратуры или в суд (в последнем случае тянуть не стоит, так как срок исковой давности по такой категории дел ограничивается 3 месяцами).