Что делать, если девушка беременна в 16 лет, а парня депортировали?

Здравствуйте. Обращение в миграционную службу ничего не даст. Они не уполномочены регистрировать браки. Сейчас Вам целесообразно обратится в ЗАГС и проконсультироваться на предмет возможности установления отцовства до рождения ребенка, при наличии естественно согласия обоих родителей, пусть один из которых и депортирован с территории РФ.

Основание: Федеральный закон от 15.11.1997 N 143-ФЗ (ред. от 03.07.2016) «Об актах гражданского состояния»

Статья 50. Государственная регистрация установления отцовства на основании совместного заявления отца и матери ребенка, не состоящих между собой в браке на момент рождения ребенка

3. В случае, если имеются основания предполагать, что подача совместного заявления об установлении отцовства после рождения ребенка может оказаться невозможной или затруднительной, будущие отец и мать ребенка, не состоящие между собой в браке на момент рождения ребенка, могут подать такое заявление во время беременности матери. При наличии такого заявления государственная регистрация установления отцовства производится одновременно с государственной регистрацией рождения ребенка и новое заявление не требуется, если до государственной регистрации рождения ребенка ранее поданное заявление не было отозвано отцом или матерью.

5. В случае, если отец или мать ребенка не имеют возможности лично подать в орган записи актов гражданского состояния заявление, предусмотренное пунктом 1 настоящей статьи, их волеизъявление может быть оформлено отдельными заявлениями об установлении отцовства.
Подпись лица, не имеющего возможности присутствовать при подаче такого заявления, должна быть нотариально удостоверена.