Правомерное ли данное назначение в нашем случае?

Военнослужащие, имеющие воинское звание «полковник» и ниже, назначаются на воинские должности в соответствии с Положением о порядке прохождения военной службы (Указ Президента 1237 от 16.09.99)

В соответствии со  ст. 12 Положения о порядке прохождения военной службы, -

В связи со служебной необходимостью на военнослужащего может быть возложено временное исполнение обязанностей по следующей равной или высшей воинской должности, которую он не занимает:

а) вакантной (незанятой) воинской должности — с его согласия (временное исполнение должности — врид);

б) невакантной (занятой) воинской должности

То есть если такой должности как начальник юридической службы нет, то командир не вправе возлагать на Вас обязанности, не регламентированные какой либо должностью.

Но, если такой приказ будет все таки издан, то выполнить его Вы будете обязаны в силу положения ст. 43 УВС ВС РФ.

Если приказ будет письменным — требуйте приобщения его выписки к личному делу, снимите с него копию.

После этого письменно, на основании ст. 19 УВС ВС РФ

Обо всех случаях, которые могут повлиять на исполнение военнослужащим его обязанностей, а также о сделанных ему замечаниях он обязан докладывать своему непосредственному начальнику.

Доложите командиру, что исполнять обязанности нач.юр.службы не можете, так как вам эти обязанности не доведены и не разъяснены (с должностной инструкцией не ознакомили), а также укажите, что основную должность преподавателя не можете исполнять в связи с указанными обстоятельствами, так как от них приказом не освобождены.

Согласно ст.41 УВС ВС РФ, —

Приказ (приказание) должен соответствовать федеральным законам, общевоинским уставам и приказам вышестоящих командиров (начальников). Отдавая приказ (приказание), командир (начальник) не должен допускать злоупотребления должностными полномочиями или их превышения.

Поэтому военнослужащий обязан выполнить приказ о возложении на него временного исполнения обязанностей по воинским должностям, которые он не занимает, и в случае несогласия с приказом может обжаловать его, например, вышестоящему командиру (начальнику).

В отношении командира будет действовать ст.44 УВС ВС РФ, а именно

 Командир (начальник) несет ответственность за отданный приказ (приказание) и его последствия, за соответствие содержания приказа (приказания) требованиям статьи 41 настоящего Устава и за непринятие мер по обеспечению его выполнения.

Предложите вашему командиру установить должность нач.юр.службы штатной должностью. 

Тогда в рамках п.7 ст.10 ФЗ «О статусе военнослужащих» от 27.05.1998 N 76-ФЗ, Вы вправе будете совмещать две оплачиваемые воинские должности

Военнослужащий вправе с разрешения командира (начальника) заниматься оплачиваемой педагогической, научной или иной творческой деятельностью, если она не препятствует исполнению служебных обязанностей и не повлечет за собой конфликта интересов на военной службе.