Как это правильно оформлять и что придется заплатить?

Добрый день Александр!

Из описания обстоятельств в Вашем вопросе не понятно, что означает:

Товар не оприходован.

Уплачены денежные средства супругой с ее расчетного счета как ИП, но не подписаны первичные учетные документы в отношении товара с продавцом?

Если индивидуальный предприниматель, применяющий  патентную систему налогообложения осуществляет другие виды предпринимательской деятельности, в отношении которых им применяется иной режим налогообложения, он обязан вести учет имущества, обязательств и хозяйственных операций в соответствии с порядком, установленным в рамках соответствующего режима налогообложения (п. 6 ст. 346.53 Налогового кодекса РФ). То есть, в отношении товара Ваша супруга может как ИП осуществить его учет в соответствии с требованиями налогового  и бухгалтерского учета (в порядке, утв. Приказом Минфина РФ и МНС РФ от 13 августа 2002 г. N 86н/БГ-3-04/430 «Об утверждении Порядка учета доходов и расходов и хозяйственных операций для индивидуальных предпринимателей») и затем, например, перепродать Вам (по договору купли-продажи с выделением и уплатой НДС). Подобная операция никак не отразится на режиме налогообложения ИП на ПСН.

Поскольку у Вас: 

ИП УСН доход-расход.

При реализации супругой ИП на ПСН, как сказано выше, данного товара Вам как  индивидуальному предпринимателю, применяющему УСН, супруге следует исчислить налог на добавленную стоимость в соответствии с главой 21 Налогового кодекса РФ, а с дохода, полученного от реализации товара (при наличии такого), уплатить налог на доходы физических лиц в порядке, предусмотренном главой 23 Налогового кодекса РФ.