Здравствуйте, Дмитрий!
Да, в Вашей ситуации имеет смысл обращаться в арбитражный суд.
АПК РФ Статья 198. Право на обращение в арбитражный суд с заявлением о признании ненормативных правовых актов недействительными, решений и действий (бездействия) незаконными
1. Граждане, организации и иные лица вправе обратиться в арбитражный суд с заявлением о признании недействительными ненормативных правовых актов, незаконными решений и действий (бездействия) органов, осуществляющих публичные полномочия, должностных лиц, если полагают, что оспариваемый ненормативный правовой акт, решение и действие (бездействие) не соответствуют закону или иному нормативному правовому акту и нарушают их права и законные интересы в сфере предпринимательской и иной экономической деятельности, незаконно возлагают на них какие-либо обязанности, создают иные препятствия для осуществления предпринимательской и иной экономической деятельности.
Требования ст.69 НК РФ налоговым органом не выполнено. Досудебный порядок урегулирования спора Вами соблюдён. Поэтому здесь есть возможность отстоять свою позицию в арбитражном суде.
Добавлю:
ст.69 НК РФ
Ничего это не сделано было налоговой службой, поэтому необходимо обращаться в арбитражный суд.