Положены ли декретные выплаты при выходе в отпуск с временной должности?

да декретные выплаты вам положены. 

ТК РФ Статья 255. Отпуска по беременности и родам

Женщинам по их заявлению и на основании выданного в установленном порядке листка нетрудоспособности предоставляются отпуска по беременности и родам продолжительностью 70 (в случае многоплодной беременности — 84) календарных дней до родов и 70 (в случае осложненных родов — 86, при рождении двух или более детей — 110) календарных дней после родов с выплатой пособия по государственному социальному страхованию в установленном федеральными законами размере.
(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Отпуск по беременности и родам исчисляется суммарно и предоставляется женщине полностью независимо от числа дней, фактически использованных ею до родов.