Могу ли дважды взять отпуск, если учусь в учебном заведении сразу на двух факультетах заочно?

Здравствуйте Дарья! 

Вам нужно руководствоваться ст.173 ТК РФ 

Работникам, направленным на обучение работодателем или поступившим самостоятельно на обучение по имеющим государственную аккредитацию программам бакалавриата, программам специалитета или программам магистратуры по заочной и очно-заочной формам обучения и успешно осваивающим эти программы, работодатель предоставляет дополнительные отпуска с сохранением среднего заработка для: прохождения промежуточной аттестации на первом и втором курсах соответственно — по 40 календарных дней, на каждом из последующих курсов соответственно — по 50 календарных дней (при освоении образовательных программ высшего образования в сокращенные сроки на втором курсе — 50 календарных дней);

 В Вашем случае Вы имеете право взять учебный отпуск только по тому факультету по которому Вас направил обучаться работодатель.