На каком расстоянии от границы участков должна находиться сточная яма?

Здравствуйте, Алексей! 3-4 метра — это мало. Не совсем понятно, что Вы понимаете под сточной ямой. Если это яма просто для сточных вод — это одно, если выгребная яма- другое. 

В настоящее время порядок размещения выгребных  ям регулируется «СанПиН 42-128-4690-88. Санитарные правила содержания территорий населенных мест».

Пункт 2.2.3:

На территории частных домовладений места расположения мусоросборников, дворовых туалетов и помойных ям должны определяться самими домовладельцами, разрыв может быть сокращен до 8 — 10 метров. В конфликтных ситуациях этот вопрос должен рассматриваться представителями общественности, административными комиссиями исполкомов районных и поселковых Советов народных депутатов.

Можете начать защиту Ваших прав с обращения в местную администрацию. 

Также у Вас есть право обращения в суд на основании ст. 304 ГК РФ, согласно которой 

собственник может требовать устранения всяких нарушений его права, хотя бы эти нарушения и не были соединены с лишением владения.