Что делать, если купили авто с дубликатом ПТС, а оно оказалось в залоге?

Здравствуйте. По сути лучшим вариантом было бы продать это авто. В силу ст. 450 ГК РФ

По требованию одной из сторон договор может быть изменен или расторгнут по решению суда только:
1) при существенном нарушении договора другой стороной;
2) в иных случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, другими законами или договором.
Существенным признается нарушение договора одной из сторон, которое влечет для другой стороны такой ущерб, что она в значительной степени лишается того, на что была вправе рассчитывать при заключении договора.

Поставить на учёт это авто у Вас в любом случае вряд ли получится.