Здравствуйте,
Имущество ИП является обычным имуществом физического лица. Если вы проживаете раздельно, по п.4 ст. 38 Семейного кодекса
4. Суд может признать имущество, нажитое каждым из супругов в период их раздельного проживания при прекращении семейных отношений, собственностью каждого из них.
Деньги который муж забрал, вы можете учесть при разделе. Состав общего имущества определяется в основном по п.2 ст. 34 СК РФ. В вашем случае общим имуществом будет как минимум помещение, наличные денежные средства, товар в магазине.
Вы спрашиваете:
Подала в суд заявление на расторжение брака. Имеет ли право супруг на стадии развода и после развода забирать денежные средства из кассы без моего согласия?
Эти два обстоятельства — развод и имущество связаны лишь косвенно. Вы не указываете, кто из вас является ИП и заявили ли вы требование разделе имущества. Если нет — имущество приобретенное в период брака на общие средства, будет общим и после развода, т.к. его режим не изменится до раздела имущества или заключения брачного договора.
С уважением, Андрей Козырев