Нужно ли подавать декларацию по этим доходам по 3-НДФЛ или по УСН?

Добрый день! В Вашем случае, т. к. участки предназначены для коммерческого использования, то минимальный срок владения для них не распространяется, даже при условии, что вы их покупали как физическое лицо (в принципе регистрация может быть осуществлена только на физ лицо или юридическое лицо, на ип не регистрируют имущество). В данном случае доход от продажи учитывается в налоговой базе по УСН.